首都儿科研究所的前身是中国医学科学院儿科研究所，成立于1958年，是新中国第一家以医学基础研究、儿科疾病发病机理研究、儿童保健为重点，承担有医疗、教学和预防任务的应用医学研究机构。研究所于1983年划归北京市，隶属北京市卫生局。1986年研究所建立附属儿童医院。全所院现有员工1100余人，其中专业技术人员占84%，具有高级专业技术职称的有126人。所内有国家级和市级突出贡献专家7人，享受政府特殊津贴的专家22人。研究所和附属儿童医院地处北京市朝阳区雅宝路2号，占地面积28815平方米，建筑面积10万余平方米。
    上世纪90年代以来，首都儿科研究所先后8次获得北京市属科研院所“改革与发展”一等奖，15次获得首都及卫生系统“文明单位”的称号。50年来，经过几代人艰苦卓绝的不懈奋斗，目前，首都儿科研究所已发展成为集儿科基础医学、临床医学、高等医学教育、预防保健医学为一体的知名医学研究机构。
    研究所承担着国家、卫生部、国际组织和国际间的多边合作类和北京市一系列关系到胚胎发育、出生缺陷、婴儿喂养、生长发育、儿童常见和疑难疾病、人口健康、社区医疗等方面的重大项目的研究。常年承担各类课题百余项。其中有国家科技部国家科技支撑计划重大课题，国家973、863项目，北京市科委重大项目，国家自然科学基金和市自然科学基金项目。课题具有前瞻性、指导性、科学性和可行性。一批优秀研究项目先后获奖，其中有国家级奖7项、卫生部和北京市各类科技进步奖70余项。
    1975年以来，受卫生部委托，研究所牵头每10年对全国九市儿童体格发育进行调查，掌握了我国儿童生长发育、营养和健康状况的发展变化趋势，为政府部门制定儿童保健政策提供了科学的依据。
    研究所内设有世界卫生组织儿童卫生合作中心、中国儿童卫生保健疾病防治指导中心、中—加儿童健康研究合作中心、北京市感染与免疫中心实验室。中华预防医学会儿童保健分会、中国儿科医师协会、中国关心下一代工作专家委员会、宋庆龄基金会儿科奖励基金委员会、中国社区卫生协会等国家级专业学会办公机构设在本所。所内多名资深专家担任全国专业性学会、协会领导职务。 
    研究所和附属医院是我国儿科高水平人才培养基地。研究所是国务院学位委员会批准的儿科硕士、儿科博士学位授权单位，现有博士生、硕士生导师30余名。目前，已独立培养了博士、硕士200余人，有7名中青年科技骨干入选北京市科技新星，2名青年专家入选新世纪百千万人才工程市级人选。科研、临床人员每年在各种核心期刊、学术会议、专业刊物发表论文百余篇，其中SCI文章 10余篇.
研究所具有良好的科研环境、浓厚的学术氛围以及基础研究与临床诊疗密切结合的优良传统。近年，百余名留学人员学成回国，为所院发展注入了新的活力。
    附属儿童医院
    附属儿童医院是三级甲等医院、爱婴医院、北京大学教学医院、北京高等医学专科学校教学医院、规范化服务达标医院、首都平安示范医院，北京大学医学部博士、硕士学位研究生培养点，卫生部、北京市住院医师/专科医师培训基地。医院编制床位400张。
    院内设有21个临床科室，26个专业，还设有6个临床研究室，并根据儿童发病特点开设有专病门诊。全院应诊专家100余人。住院部设有七个病区。重症监护及血液病区均设有层流病房。手术室设有百级和千级手术室6间。
    医院拥有先进的核磁、16排螺旋CT、CR、DR、彩超、动态心电、脑电、肌电检查系统、自动生化分析仪、内窥镜、NCO诊断测定仪、睡眠监测等大型仪器和设备。
    医院承担着北京地区和外省患儿医疗诊治工作，门急诊量和住院患者逐年增加。2008年，医院年门急诊162万人次，日最高门诊量达到5800人次，年住院病人1.4万余人次，年手术5180例。医院注重内涵建设，坚持规范化管理，保障医疗质量，诊断符合率达到99%以上；建立急诊“绿色通道”，使急危重患儿得到及时抢救，抢救成功率达到85%以上。
    儿童保健注重特色专业的发展，设有儿童营养、心理、语言发育专业，并设有儿童生长发育、智力、心理测查诊断室。对儿童在生长发育、营养等有关疾病开展了有效地预防与筛查。近年还开展了儿童心理、铅中毒的诊断、干预与治疗。
    近年来，医院先后承担了40项国家级和市级推广和示范继续教育项目，每年组织全国性儿童保健、哮喘防治、临床检验、微创技术等各种学习班及国际研讨会。每年培养全国各地进修医生百余人。